Los órganos superiores de la Universidad constituyen las instancias encargadas de dirigir y gestionar, impulsando el desarrollo académico institucional y de sus miembros. Dichos órganos son responsables de normar y proyectar la universidad, estableciendo las políticas generales, encargándose de los procesos de evaluación y de resguardo de la calidad, en procura del cumplimiento de su misión y de su desarrollo coherente, transversal y de excelencia.

Órganos superiores de la Universidad de Aysén:

Además la casa de estudios podrá contar con organismos de apoyo de carácter consultivo, definido en su organización, modalidad de funcionamiento, supresión y definición de objetivos por el Rector previa aprobación del Consejo Superior, quien determinará su adscripción a un determinado nivel de la estructura de la Universidad. En el caso de la Universidad de Aysén, el año 2018 se constituye el Consejo Social, cuya finalidad es mantener informado al Rector en relación con las necesidades y problemáticas efectivas de la región, así como respecto de sus principales planes de desarrollo, y a su vez, contribuir a que la comunidad regional se vincule activamente con las diversas líneas de trabajo que genere la Universidad, reconociendo las potencialidades de desarrollo y progreso que ésta le puede ofrecer.